冒頭、弁護側は「無罪を主張する予定です。事実関係については争いません」と述べた。崎浜医師自身による鑑定結果を踏まえて「少年に殺意がなかったことを社会に広く伝えたかった。広汎性発達障害に対する社会の誤った認識を是正する正当な行為だった」と主張した。
また、精神鑑定は学識経験者として命じられた業務だとしたうえで「医師としての業務ではなく、（刑法上の）秘密の保護の必要性はない」と訴え、検察側に鑑定を医師の業務と主張する根拠をただした。検察側は「裁判所から医師として命じられた業務だ」と反論した。
（奈良調書漏出事件、「無罪主張」を表明　初公判で弁護側 asahi.comより）

事件の引き金となった「僕はパパを殺すことに決めた」（講談社）の著者でフリージャーナリスト、草薙厚子さんは代理人弁護士を通じて「崎浜被告に対して、原因をつくった１人としておわびの気持ちでいっぱい。今回の告訴は法務省による捏造（ねつぞう）で、起訴は無効とされるべきだ」、講談社は「（崎浜被告に）多大な迷惑を掛けしたことをおわびし、でき得る限りの協力をしたい」などとするコメントを出した。
（鑑定の医師、認否留保し無罪主張へ　奈良の調書漏えい初公判 MSN産経ニュースより）

長男と父親の告訴についても「真の意思に基づくものではなく、検察側が告訴を促した『国策捜査』だ」と批判した。
（奈良調書漏出事件、「無罪主張」を表明　初公判で弁護側 asahi.comより）

講談社が設置した調査委員会の報告書も読んだ上で考えますと、今回の事件が起訴に至った責任の９５％は著者と講談社にあると思います。
その意味で、被告人は講談社側との関係では被害者です。
報告書を証拠にして民事で損害賠償請求したらどうなるか興味があります。
医師が勝つんじゃないでしょうか。
（調書流出事件第1回公判の感想 元検弁護士のつぶやきより）